تسعى 4A Games إلى تقديم رؤية أكثر وضوحا للخير والشر في Metro 2039 مقارنة بالأجزاء السابقة، حيث أوضح Jon Bloch، المنتج التنفيذي للعبة، أن السلسلة كانت تعتمد سابقا على منطقة رمادية أخلاقيا في قرارات اللاعب وقصته، بينما ستقدم اللعبة الجديدة عالما تكون فيه الأمور أكثر وضوحا. وتدور الأحداث حول شخصية Stranger، وهو منفي يعود إلى أنفاق موسكو التي أصبحت تحت سيطرة فصيل Novoreich الفاشي، في عالم تدور أحداثه حول عواقب الحرب بدل محاولة منعها.
وفي الوقت نفسه، أكدت 4A Games عودة نظام Karma السري الذي ظهر في Metro 2033 وMetro: Last Light وMetro Exodus، حيث تؤثر تصرفات اللاعب وقراراته على النتائج التي يواجهها لاحقا. وأوضح Bloch أن الفكرة الأساسية ستبقى كما هي، وهي أن للأفعال عواقب، لكن طريقة تطبيق النظام ستختلف لتناسب قصة Metro 2039، دون الكشف عن التصرفات التي ستؤثر إيجابا أو سلبا على Karma الخاصة بـ”الغريب”.
